Окна летнего Храма исторически были деревянными, оригинальной формы, в одно стекло. Переплеты сохранились лишь частично, но все же в достаточной мере для того, чтобы представить, как они были устроены в прошлом. Решено выполнить окна в металло-пластиковом исполнении, максимально сохранив историческую форму. Однако, при этом установить окна с максимально «теплые», рассчитанные на отопление Храма в зимнее время при минимальных теплопотерях, с одной открывающейся створкой в каждом из боковых окон верхнего яруса с электроприводом. Споры вызвало предложение установить витражную часть в центральных, больших радиусных окнах. Исторических свидетельств применения витражей в Воскресенском Храме не найдено и настоятель Храма отец Алексей, посоветовавшись с благочинным Мышкинского района не благословил установку витражных частей, предложив ограничиться лишь установкой матовых стекол в окна нижнего яруса.
Для подбора исполнителя Главный архитектор Храма Н.Н. Солодов исполнил чертежи разверток стен с окнами и их переплетами, разработал техническое задание. После долгого выбора решено было остановиться на четырехкамерном профиле Caleva толщиной 70 мм и стеклопакетом с энергосберегающим iM-стеклом заполненным аргоном, что значительно уменьшает потерю тепла зимой и нагрев летом. Еще одной причиной, по которой были выбран производитель, стала возможность установить на стеклопакет декоративную накладку шириной 23 мм, что примерно совпадало с исторической шириной. К сожалению, технологически возможно выполнять фигурные накладки в заводских условиях только под углом 90 градусов и поэтому пришлось заказать дополнительно несколько метров для изготовления ромбов в переплетах боковых окон.
Подготовка проемов заняла более полутора месяцев. Вода разрушили кирпичную кладку в нижней части окон. Очень плохо сохранились колонны и балки центральных проемов. Пришлось разобрать и заменить до 7 рядов кирпичной кладки, произвести значительное количество «вычинки». Во время работ выяснилось, что в теле кладки примерно через два метра по всему периметру проложена металлическая полоса из «рудной» стали, примерно соответствующей марке Ст0. В том числе такая полоса проложена и в теле горизонтальной балки центральных окон, для чего они и предназначены. Полоса является арматурой и «стяжкой» кирпичных стен. Именно в результате применения такой технологии двести лет назад сама кирпичная конструкция имеет чрезвычайную общую прочность. Металл «стяжек» за это время практически не подвергся коррозии. А вот перемычки, выполненные из аналогичной металлической полосы оказались значительно повреждены. Поэтому пришлось установить дополнительные равнополочные уголки шириной 100 мм. Все открытые и вновь установленные конструкции были подвергнуты обработке антикоррозионным и окрашивающим составом на алкидной основе «Нержамет». Колонны центральных проемов были дополнительно усилены композитной армирующей лентой, а с южной стороны оштукатурены ремонтным составом швейцарской компании Zica. Этим же составом произведен ремонт откосов. После выравнивания откосы утеплили двумя слоями фольгированного утеплителя Пенофол-А и установлили металлические откосы из оцинкованной стали с покрытием Pural белого цвета. На верхний и боковых откосах из-за установленной решетки получился «нахлест». При установке нижнего отлива решетку решено было подрезать, для того, чтобы исключить затекание воды.
Исторически окна были установлены в большую четверть так, что с наружной стороны рама была не видна вовсе. Это создавало ощущение «проема», а не «окна» и давало дополнительный свет. После долгих споров и раздумий новые окна были также установлены «в четверть». Однако пришлось сохранить выпуск профиля рамы на 2-3 сантиметра, чтобы исключить протечки. В нижней части по той же причине от четверти все же отказались. Окна установили в соответствии с ГОСТ 30971-2002 с использованием подоконного профиля, а также паропроницаемой само расширяющейся уплотнительной ленты (ПСУЛ).